Koubek kam 1992 nach Amberg und führte den damals noch bestehenden Verein bis zum Aufstieg in die Bayernliga. Seine akribische Arbeitsweise und seine Nähe zur Mannschaft hinterließen bleibenden Eindruck bei seinen Spielern. Doch trotz sportlichen Erfolgs musste der Verein wegen finanzieller Probleme 1995 Insolvenz anmelden.

Zurück in seiner Heimat Tschechien trainierte Koubek erfolgreich diverse Clubs wie Slavia Prag und Viktoria Pilsen, wo er sogar Meister wurde. Nun trainiert er die tschechische Nationalelf bei der WM – ein weiterer Höhepunkt einer bemerkenswerten Karriere. Seine früheren Spieler erinnern sich an ihn als zielstrebigen Coach mit menschlicher Wärme, was auch seine erfolgreiche Reise im internationalen Fußball unterstreicht.